Un novedoso chip para el estudio de proteínas
JPA/DICYT Manuel Fuentes García, científico salmantino recientemente incorporado al Centro de Investigación del Cáncer (CIC) de Salamanca, es uno de los ocho investigadores que participan en la publicación de un trabajo en la revista Nature Methods acerca de una nueva metología para el estudio de proteínas. El Harvard Institute of Proteomics, donde ha trabajado Fuentes, ha desarrollado un nuevo chip de alta densidad de proteínas, aplicando un protocolo innovador, que permite obtener una gran cantidad de proteínas para su utilización como posibles marcadores tumorales o dianas de fármacos.
El chip de proteínas en formato de alta densidad permite el estudio masivo, a gran escala, de interacciones de proteína a proteína o de proteínas con otras moléculas, lo que permite probar, por ejemplo, nuevos fármacos. El mismo equipo de investigadores desarrolló un trabajo preliminar cuyos resultados fueron publicados en el año 2004 en la revista Science. La novedad de este estudio posterior, desarrollado en los tres años siguientes a la primera publicación, es el salto cualitativo y cuantitativo que representa haber creado un array que contiene 2.500 proteínas.
Un array convencional contiene múltiples fragmentos de ADN adheridos a un soporte físico y agrupados de manera ordenada. El novedoso array de proteínas desarrollado en este trabajo es muy diferente a otros y presenta claras ventajas respecto a los sistemas anteriores, ya que evita los procesos de purificación, generalmente muy laboriosos, que deben realizarse en el chip convencional. El sistema presentado se basa en un chip donde se coloca ADN plasmídico específico de cada proteína, y se expresa posteriormente con un sistema de expresión de proteínas libre de células, obteniendo todas las proteínas en el momento del ensayo. De esta manera, presenta todas las ventajas de un array de ADN en cuanto a su elaboración, cuya tecnología está muy desarrollada y aceptada por la comunidad científica, y todas las ventajas que presentan los arrays de proteínas.
Proteínas de procesos tumorales
El trabajo se ha llevado a cabo con proteínas que tienen gran protagonismo en procesos tumorales, como quinasas, proteínas de membrana o factores de transcripción, proteínas que en su gran mayoría constituyen o pueden constituir posibles dianas de nuevos fármacos. Esta estrategia permite realizar ensayos a mayor escala o el descubrimiento de nuevos biomarcadores. Además, los científicos prevén que su empleo suponga un ahorro económico y de tiempo, ya que permiten realizar pruebas multifuncionales por cada uno de los ensayos. En la actualidad, ya han realizado estudios preliminares con cáncer de mama y diabetes.
Hace pocos días, Manuel Fuentes presentó a sus nuevos compañeros del CIC este novedoso desarrollo, que ahora es objeto de publicación por parte de Nature Methods. Tras su estancia postdoctoral en Harvard, este científico encuentra algunas diferencias entre la investigación en España y en Estados Unidos, unas diferencias que tienen que ver más con el desarrollo tecnológico que con el trabajo diario de los profesionales dedicados a la Ciencia. "Casi todo el desarrollo instumental se realiza en Estados Unidos, así que la diferencia se centra en las tecnologías", comentó recientemente a DiCYT, aunque a la hora de investigar, los científicos suelen contar con las mismas herramientas, según precisó. En cualquier caso, "allí tienes muchísimos más fondos para hacer desarrollo, para nuevas metodologías y nuevas técnicas", señaló.
La principal idea con la que Manuel Fuentes se incorpora al Centro del Cáncer es utilizar los nuevos sistemas de análisis proteómico dentro del grupo de Alberto Orfao, en el laboratorio 11, que tiene experiencia en la investigación sobre leucemias. "Quiero acoplar las nuevas técnicas para que sean útiles en el estudio de estas enfermedades", afirma. Su objetivo es investigar el desarrollo de algunos tipos de leucemia, aunque ese proyecto aún está lejos de concretarse, en una fase muy preliminar.