El Centro de Investigación del Cáncer enseña bioinformática aplicada al análisis de proteínas
JPA/DICYT El Centro de Investigación del Cáncer de Salamanca, en colaboración con el Instituto Nacional de Proteómica y de Bioinformática, ProteoRed e INB respectivamente, han programado un curso en el que una veintena de inscritos conocerán las herramientas informáticas necesarias para realizar el análisis de proteínas de acuerdo con las técnicas de espectrometría de masas que se utilizan en la actualidad. Es la primera vez que se realiza esta actividad formativa, que se desarrollará desde mañana, 23 de mayo, hasta el viernes, día 25.
Un espectrómetro de masas es capaz de identificar las proteínas de una muestra, ya que permite detectar la masa de fragmentos de estas o péptidos ionizados, es decir cargados eléctricamente, que dan lugar a un patrón de masas (o espectro) específico de cada proteína, lo que puede equipararse a un código de barras. Mediante motores de búsqueda o programas informáticos este patrón es comparado con los patrones, o códigos de barras, existentes en bases de datos correspondientes a cada una de las proteínas que se conocen en la actualidad, de manera que se puede identificar a que proteína corresponde.
"La Unidad de Proteómica del CIC emplea la espectrometría de masas para el análisis de proteínas y el curso introduce al análisis de datos obtenidos mediante las técnicas intrumentales más comunes en espectrometría de masas, y a las herramientas bioinformáticas que ayudan a la identificación de proteínas y su caracterización funcional", ha explicado a DICYT, Nieves Ibarrola, responsable de la actividad formativa. En el Centro de Investigación de Cáncer de Salamanca se desarrollan dos técnicas de espectrometría de masas utilizando dos sistemas instrumentales diferentes, una está basada en ionización por láser asistida por matriz (conocida como MALDI-TOF), la otra en ionización por electrospray acoplada a un analizador de trampa iónica (ESI-Trampa iónica). "El MALDI-TOF sirve para identificar proteínas aisladas y cuya secuencia, y por tanto su código de barras, esté presente en las bases de datos; mientras que la trampa iónica permite identificar qué proteínas se encuentran presentes en una mezcla y además permite secuenciarlas", explica Ibarrola.
Una segunda edición
El curso, que básicamente trata de enseñar aspectos básicos del análisis de muestras por espectrometría de masas, está dirigido a personas que realizan el doctorado, así como profesores que vayan a desarrollar proyectos relacionados en el área de proteómica, que es el estudio de conjuntos de proteínas. Se trata de una actividad teórico-práctica en la que se emplean diferentes motores de búsqueda. No es posible atender a un número mayor de alumnos debido a los requerimientos informáticos y al reducido número de profesores, aunque dada la respuesta obtenida en esta primera edición, los promotores ya piensan en una segunda.