La UCAV organiza un seminario sobre diseño de fármacos por computación
MEG/DICYT La Universidad Católica de Ávila (UCAV) celebrará el jueves un seminario científico sobre diseño de fármacos y supercomputación que lleva por título Cloud computing y diseño de fármacos: docking virtual sobre Amazon EC2. Se trata de una actividad especializada destinada especialmente a los alumnos y profesores de la Facultad de Ciencias y Artes de la UCAV y que ha organizado el Área Tecnológica de la UCAV. El ponente de la conferencia es Diego Alonso López, uno de los responsables de la Unidad de Bioinformática del Centro de Investigación del Cáncer (CSIC-Universidad de Salamanca).
El diseño de fármacos asistido por computación se ha convertido en un componente indispensable de los procesos de descubrimiento y desarrollo de fármacos, según los expertos. La supercomputación de alto rendimiento proporciona la potencia que los investigadores de esta área necesitan para explorar más diseños en tiempos abordables. Una de las fases iniciales en este tipo de proyectos es el docking virtual, una simulación computacional de las posibles condiciones de enlace entre una librería de pequeñas moléculas (ligandos) y una macromolécula diana (normalmente una proteína), que permite hacer un filtrado y reducir así la cantidad de experimentos tanto in vivo como in vitro posteriores así como el coste económico global del diseño.
Hasta ahora los sistemas hardware empleados para abordar este tipo de estudios han sido máquinas de supercomputación representadas típicamente por algún tipo de clúster físico o de sistema CRID que crea un clúster virtual sobre máquinas más pequeñas. Sin embargo, de un tiempo a esta parte está surgiendo con fuerza la idea del cloud computing o computación en nube, como tendencia a basar las aplicaciones, sistemas e incluso plataformas hardware en servicios alojados de forma externa. Esta nueva idea trae consigo mejoras obvias en puntos clave como el coste, la independencia de los dispositivos hardware o la escalabilidad, explican los científicos.
Desde la Unidad de Bioinformática del Centro de Investigación del Cáncer de Salamanca se propone una plataforma de trabajo que nos permite abordar este tipo de cálculos en diferentes entornos hardware tanto físicos como virtuales, así como efectuar un análisis comparativo para evaluar la viabilidad del uso de la computación en nube como alternativa a los centros de supercomputación tradicionales.