Health Spain , Salamanca, Tuesday, December 21 of 2010, 17:26

Una empresa creará software para mejorar la secuenciación genética

Icinetic se ha instalado en el Parque Científico de la Universidad de Salamanca para iniciar una nueva línea bioinformática a partir de sus aplicaciones para desarrollo de software

José Pichel Andrés/DICYT La gran cantidad de información que genera la secuenciación masiva del genoma de numerosos organismos hace imprescindible que los científicos se tengan que apoyar en potentes herramientas informáticas para que los datos que se extraen puedan ser analizados. La Universidad de Salamanca cuenta con un servicio de secuenciación que se verá reforzado con nuevo equipamiento, pero necesita programas informáticos para interpretar los resultados. Con el objetivo de desarrollar este campo, la empresa sevillana Icinetic acaba de instalarse en el Edificio M2 del Parque Científico de Salamanca para tratar de aprovechar el potencial de la ciudad en investigación biomédica y sacar adelante una serie de productos biotecnológicos adaptados a las necesidades de los científicos.

 

"Icinetic nació en 2006 como spin-off de la Universidad de Sevilla, con la idea de automatizar la producción de software y crear herramientas y metodologías que ayuden a crear software de manera eficiente y con calidad", explica a DiCYT Lucas Gonzálvez Ciria, responsable de la compañía. Entre sus primeras líneas de negocio estuvo el desarrollo de productos y servicios que pretendían mejorar procesos internos de las empresas. Sin embargo, la principal herramienta, que llamaron Radarc, estaba orientada a mejorar la forma en la que se crea software, automatizando su producción y mejorando su calidad.

 

"Radarc nos permite fabricar software de manera más productiva, elevar el nivel de abstracción y especificar qué se quiere desarrollar de una forma más sencilla, con modelos que posteriormente generan la aplicación. Así, se realiza un mejor análisis del problema del cliente, una mejor solución para realizar la programación y se genera automáticamente a partir de los modelos", comenta Lucas Gonzálvez.

 

Por otra parte, el objetivo de muchísimos proyectos de investigación relacionados con la biotecnología pasa por estudiar genomas, el conjunto de genes que especifican todos los caracteres que pueden ser expresados en un organismo. Debido a esta necesidad, en los últimos años está surgiendo con fuerza el campo de la Bioinformática. Sin embargo, "aunque parezca mentira, la forma de desarrollar la Bioinformática sigue siendo antigua desde el punto de vista de la Ingeniería Informática", señala el experto. "Se programa todo a mano, no hay estándares salvo algunos algoritmos y formas de trabajar, pero no hay metodologías y herramientas estandarizadas que permitan aumentar la productividad y la calidad del software necesario", indica.

 

Facilitar el trabajo de los desarrolladores

 

La razón de que esto suceda es sencilla: quienes trabajan en el campo de la Bioinformática suelen proceder de la rama de las Ciencias de la Salud, alejados del diseño de software, ya que "la parte de conocimiento bio es mucho más importante". Sin embargo, esto hace que la creación de herramientas no se realice con rigor informático y esto es lo que trata de aportar Icinetic, proporcionar herramientas para facilitar el trabajo de la comunidad de desarrolladores.

 

Por eso, a partir de Radarc, que automatiza la producción de software, la empresa busca ahora un área de negocios específica de Bioinformática. Más concretamente, "lo que queremos hacer es entrar en la generación de aplicaciones para análisis masivo de información genética", lo que se conoce por NGS o Next-generation sequence. "Vamos a trabajar en un proyecto de investigación y desarrollo que consiste en describir un lenguaje específico para el dominio NGS", señala Francisco González, otro de los responsables de la empresa, en concreto, la persona sobre la que se apoya este nueva línea bioinformática.

 

Según explica, se trata de "describir las relaciones que hay en este tipo de plataformas y diseñar un estándar que sirva para clasificar los datos que vienen de este tipo de tecnología". De esta manera, podrán apoyar a los investigadores para que desarrollen su propia aplicación de una manera más estructurada.

 

Un 'boom' en la secuenciación en los próximos tres años

 

Procesar, anotar y extraer información a partir de la secuenciación de genomas no es una tarea sencilla. "Cuando secuencias un genoma, haces pequeñas lecturas de cadenas de caracteres. Pues bien, hay un problema computacional que está en el ensamblado de esas pequeñas cadenas de caracteres que está más o menos resuelto, pero otro problema más acusado se presenta cuando tenemos genomas diferentes a los ya conocidos. En ese caso, ¿cómo captas las diferencias con respecto a los conocidos, cómo anotas ese genoma, cómo determinas que una determinada región del ADN da lugar a una determinada proteína que es diferente a la de otro organismo?" se pregunta Francisco González para ejemplificar algunos de los problemas que trata de resolver la Bioinformática.


Por otra parte, están los llamados metagenomas, término que emplean los científicos para referirse al conjunto de los genomas que pueden estar en un lugar aunque pertenecientes a diferentes organismos. Por ejemplo, todos los genomas que hay en el intestino delgado de un paciente. En este caso, el investigador puede querer analizar el genoma de todas las bacterias. Lo mismo puede ocurrir en un suelo de cultivo, ya que puede ser muy útil analizar el genoma de todas las bacterias y hongos que existen, por ejemplo, en el terreno de un viñedo, según explica el especialista.


Para llevar a cabo este tipo de investigaciones hacen falta tecnologías que pueden llegar a ser muy caras cuando se trata de proyectos específicos, pero baratas "si se combinan en un único análisis" que se puede realizar con las herramientas informáticas adecuadas. En este sentido, "se espera que haya un boom en los próximos tres años" en la necesidad de secuenciar materiales, según los expertos de Icinetic. Se trata de datos que todavía se desconoce cómo estructurar y clasificar. Por eso, la empresa que acaba de llegar al Parque Científico de la Universidad de Salamanca quiere desarrollar aplicaciones de uso sencillo que un investigador pueda usar parar tratar toda esa información.