El Itacyl aplica la metagenómica al estudio de la hinchazón tardía, una alteración del queso
Cristina G. Pedraz/DICYT La hinchazón tardía, una alteración de naturaleza microbiana que origina grietas y abomba el queso, produciendo defectos en su sabor, aroma y textura, supone un problema para el sector. Las bacterias del género Clostridium son las culpables y el objetivo de la industria y la comunidad científica es estudiarlas en profundidad para prevenir la aparición de la hinchazón. El Instituto Tecnológico Agrario de Castilla y León (Itacyl) trabaja en esta línea de investigación, en concreto en la aplicación de la metagenómica al estudio de esta alteración.
La investigadora Marta Hernández ha presentado el trabajo que está desarrollando el Itacyl durante el XVII Congreso Nacional de Microbiología de los Alimentos, que concluye hoy en Valladolid. Tal y como ha explicado, “realmente no hay un número exacto de esporas presentes en la leche capaces de producir la alteración en el queso, aunque hay estudios que hablan de entre 5 y 200 esporas por litro de leche”. En la actualidad existe un método para determinar esto, aunque necesita de bastante tiempo ”y cuando la industria conoce los resultados la leche ya se ha procesado”.
El objetivo, pues, es dotar al sector de un método de análisis rápido, capaz de determinar en el propio día si la leche tiene esporas del género Clostridium. El centro lleva años trabajando en esta línea y ha desarrollado sistemas de PCR a tiempo real. Incluso, ha realizado análisis en 234 explotaciones ganaderas de la comunidad, donde ha cuantificado el número de esporas presentes en muestras de leche.
Posteriormente, se plantearon establecer quien es la especie causante de la alteración tardía, teniendo en cuenta que diversos estudios se centran en el Clostridium tyrobutyricum y que otros autores han determinado que hasta otros tres Clostridium podían estar implicados. Tras realizar un primer estudio fallido, se propusieron utilizar las técnicas de pirosecuenciación (recién desarrolladas) y llevar a cabo un estudio metagenómico de quesos, leches y tubos del número más probable.
Capacidades de la metagenómica
Según ha detallado la investigadora, el concepto de metagenómica apareció por primera vez en 1998 y es una técnica que se aplica actualmente en todos los ámbitos de la microbiología. “La metagenómica es el análisis de material genético directamente recuperado de muestras ambientales, lo que permite muestrear distintos genomas de comunidades bacterianas coexistentes en un mismo ambiente a través de la aplicación de técnicas modernas y dar un paso más allá de la microbiología clásica, que es el estudio de microorganismos no cultivables. Además permite no sólo el estudio también la cuantificación directamente en el ambiente”, ha apuntado.
Del mismo modo posibilita el estudio de genes, transcritos, proteínas y metabolitos. Como ventajas, señala, se encuentra “el no perder información de los microorganismos no cultivables o la obtención de información del microorganismo más abundante, ya que es el más representativo en la secuenciación”. Como ha recordado, se estima que solo se conoce el uno por ciento de la diversidad bacteriana del planeta y gracias a la metagenómica “se pueden descubrir nuevas bacterias y nuevas funciones de estas bacterias”.
En cuanto a las limitaciones la principal es el precio, aunque también la falta de estandarización del volumen de muestra a tomar y del protocolo de extracción de ADN; la necesidad de normalizar las bases de datos o el ensamblado mediante herramientas informáticas.
Por otro lado la pirosecuenciación, la técnica que se emplea, es una tecnología de determinación de secuencia de ADN a gran escala mediante luminiscencia. Los investigadores la realizaron en 15 quesos seleccionados, tanto hinchados como no hinchados y con distintas características de hinchazón, así como en dos muestras de leche y en un tubo. A falta de concluir los análisis, los investigadores han concluido con seguridad que, posiblemente, el Clostridium tyrobutyricum no el principal agente responsable de la hinchazón y que hay, o bien otro Clostridium o bien otras cepas de Clostridium tyrobutyricum no identificadas u otros problemas durante la fabricación o por competencia con otras especies, “que producen finalmente que un queso tenga hinchazón”.